Малый и средний бизнес района является важнейшим сектором экономики, и рассматривается как основной резерв повышения социально – экономического потенциала района и уровня занятости населения. Малый бизнес не требует крупных капиталовложений, может использовать местные ресурсы и является источником поступления налогов в местный бюджет.
На 01.01.2020 г. в муниципальном образовании действуют 439 субъекта малого предпринимательства, в том числе 80 малых предприятий и 359 индивидуальных предпринимателей. Число субъектов малого предпринимательства по сравнению с 2018 годом (456) снизилось на 17 ед., что связано с продолжающимся оттоком населения за пределы района.
По данным Бурятстата индивидуальные предприниматели классифицируются по следующим видам экономической деятельности:
Сельское хозяйство – 19 ИП;
Строительство - 18 ИП;
Обрабатывающее производство – 12 ИП;
Обеспечение электроэнергией, газом и паром – 1 ИП;
Водоснабжение, водоотведение, организация сбора и утилизации отходов, деятельность по ликвидации загрязнений – 1 ИП;
Оптово-розничная торговля - 172 ИП;
Гостиницы и рестораны – 13 ИП;
Транспортировка и хранение – 70 ИП;
Деятельность в области информации и связи – 4 ИП;
Деятельность профессиональная, научная и техническая - 13 ИП;
Образование – 3 ИП;
Здравоохранение и предоставление социальных услуг – 2 ИП;
Деятельность административная и сопутствующие дополнительные услуги – 1 ИП;
Деятельность в области культуры, спорта, организации досуга и развлечений – 4 ИП;
Предоставление прочих видов услуг – 26 ИП.
Количество субъектов малого предпринимательства на 10 тыс. жителей составляет 462,4 ед.
Малыми предприятиями отгружено товаров собственного производства, выполнено работ и оказано услуг собственными силами на сумму 1058,5 млн. рублей или 97% к 2018 году в сопоставимых ценах и 100% к индикативному уровню.
Численность занятых на малых предприятиях на постоянной основе составила 400 чел. Доля среднесписочной численности работников (без внешних совместителей) малых и средних предприятий в среднесписочной численности работников (без внешних совместителей) всех предприятий и организаций составила 7,47%.
Среднемесячная заработная плата на малых предприятиях составила 24,8 тыс. рублей, рост к 2018 года на 7,7%.
Объем инвестиций, вложенных субъектами малого предпринимательства, составил 78,7 млн. рублей или 3,9 % от общего объема инвестиций.
Субъекты малого бизнеса привлекались к участию в конкурсах на выполнение муниципальных заказов. За 2019 год проведено 118 конкурсов (аукционов). 81 субъект малого предпринимательства выиграли контракты на сумму 80,8 млн. рублей (57,9% от общей суммы контрактов).
Малый бизнес обеспечивает поступление налогов в местный бюджет. В доход бюджета поступило единого налога на вменённый доход – 13 млн. рублей, налога, взимаемого в связи с применением патентной системы – 0,9 млн. рублей, УСНО – 11,4 млн. рублей, что составляет 7,9% в общем объеме налоговых и неналоговых поступлений.
Для развития малого предпринимательства на территории района с 2011 года была создана Микрофинансовая организация «Фонд поддержки малого и среднего предпринимательства МО «Муйский район», которая оказывает консультационные услуги, обеспечивает предпринимателей информационной, финансовой поддержкой. В соответствии с Приказом ЦБ РФ от 27.12.2017г. №ОД-3682 Фонд поддержки малого и среднего предпринимательства исключен из государственного реестра микрофинансовых организаций. В апреле 2018г. его полномочия переданы в микрокредитную компанию Фонд поддержки малого предпринимательства г.Улан-Удэ. За 2019 год Фондом оказана финансовая поддержка 10 субъектам малого предпринимательства. Выдано 25 микрозаймов на сумму 11,9 млн. рублей. В результате сохранено 10 рабочих мест.
На 01.01.2020г. с представителями малого и среднего предпринимательства заключено 4 договора аренды муниципального имущества, в том числе один с ООО и 3 с индивидуальными предпринимателями, или 13,3% от общего количества имущества, утвержденного в перечне муниципального имущества, подлежащего передаче в целях имущественной поддержки субъектов малого и среднего предпринимательства.
Постоянно проводятся индивидуальные консультации с субъектами малого предпринимательства. Администрацией МО «Муйский район» и структурой поддержки СМП, организована «горячая  линия» по вопросам информационной помощи в сфере малого и среднего  предпринимательства. За 2019 год оказана консультационная поддержка 71 субъекту малого и среднего предпринимательства. Доля субъектов малого и среднего предпринимательства, получивших консультационную поддержку, от общего количества субъектов малого и среднего предпринимательства, составила 15,6%.
В рамках подпрограммы «Содействие занятости населения» муниципальной программы «Экономическое развитие МО «Муйский район» за 2019 год проведено 3 заседания экспертной комиссии. На реализацию проектов выделена единовременная финансовая помощь в размере 346,8 тыс. руб. (средства РБ). Зарегистрировано 3 индивидуальных предпринимателя (1 ИП в сфере бытовых услуг и 2 ИП прочие услуги).
В Улан-Удэнском торгово-экономическом техникуме дистанционно обучились 3 начинающих предпринимателя.