Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 23 октября 1989 года был образован Муйский район с административным центром в поселке Таксимо. Районный Совет депутатов был сформирован в 1990 году. До этого времени его функции исполнял Таксимовский поселковый Совет.
18 мая 1990 года состоялась первая организационная сессия первого созыва Муйского районного Совета народных депутатов. В данный Совет было избрано 54 человека. На повестке дня было 14 вопросов. На сессии присутствовали министр здравоохранения Бурятской АССР Тармаев В.В., депутаты Верховного Совета Бурятской АССР Москаленко В.В., Соктоев В.Р.
Депутаты избрали председателя райсовета. Им стал А.М.Чесноков Председателем исполнительного комитета избран А.П.Зенченко.
В июне 1990 года заместителем председателя райсовета был избран Н.Б.Добханов. За весь период данного Совета было проведено десять сессий.
Депутаты уделяли очень много внимания организационным, социальным, вопросам. Контролировали направления работы капитального строительства, торговли, просвещения, здравоохранения, правопорядка и т.д. Учитывая, что район очень богат природными ресурсами остро стояли вопросы природоохраны.
В ноябре 1993 года районный Совет прекратил свою деятельность на основании Постановления Верховного Совета Республики Бурятия от 15 октября 1993 года, все функции были переданы Муйской районной администрации.
17 декабря 1995 года в районе по 11 избирательным округам состоялись выборы депутатов районного Совета, было избрано 10 депутатов из 11.
Главой местного самоуправления избран А.А.Мезенцев. Он же и возглавлял Совет в соответствии со ст. 28 Закона РБ «Об организации местного самоуправления в Республике Бурятия».
12 января 1996 года состоялась первая сессия депутатов Муйского районного Совета. Народные избранники утвердили Временный регламент районного Совета. Это было обусловлено тем, что начиналась работа по разработке Устава района и не было правовых норм, правовых актов регламентирующих работу органов местного самоуправления. Были только рекомендации аппарата Президента и Правительства Республики Бурятия с предложением об идентификации терминов, применяемых в обозначении органов местного самоуправления районов. К примеру – глава Администрации – глава местного самоуправления района, представительный орган местного самоуправления – районный Совет местного самоуправления, исполнительный орган местного самоуправления – Администрация района.
19 января 1996 года депутаты продолжили первую сессию. На ней в результате тайного голосования большинством голосов заместителем председателя районного Совета депутатов на освобожденной основе избрана М.В.Болдырева.
На данной сессии депутаты поддержали обращение забастовочного комитета работников образования района к Правительству Российской Федерации, они требовали внести необходимые изменения в Федеральный бюджет, который бы позволил обеспечить нормальную деятельность учреждений образования, предусмотрев средства на капитальный ремонт ,коммунальные услуги, на оплату труда работников образования с доведением ее до уровня заработной платы работников промышленности, прекратить не выплату заработной платы, произвести ее индексирование.
9 августа 1998 года в связи со смертью А.А. Мезенцева были назначены выборы главы администрации местного самоуправления. Новым главой администрации и председателем районного Совета был избран Кардаш А.И.
Должность заместителя председателя районного Совета депутатов на освобожденной основе была упразднена. Введена должность секретаря районного Совета депутатов на освобожденной основе. На данную должность была избрана депутат М.Р.Горбунова.
19 декабря 1999 года депутаты районного Совета местного самоуправления 1- го созыва сложили свои полномочия. Состоялись выборы нового состава Совета депутатов.В результате были переизбраны на новый срок депутаты: Киргизов А.И.,Кулешов В.А.,Морозова Н.И.,Городецкий Н.А.
18 января 2000 года прошла первая сессия данного созыва и прошли активные выборы секретаря районного Совета. Рассматривались две кандидатуры: Морозовой Н.И и Бурлаковой Т.А. В результате тайного голосования с перевесом в два голоса секретарем Совета была избрана Т.А.Бурлакова, депутат по изб.округу №4.
На данной сессии была сформирована чрезвычайная комиссия в составе 7 человек. Зима в те годы выдалась очень суровая, было разморожено много объектов инфраструктуры поселка Таксимо. Для выяснения причин и выхода из сложившейся ситуации в данную комиссию вошли депутаты: Морозова Н.И., Киргизов А.И., Чернуха В.А., Бабкина Л.В., Городецский Н.А.,Бурлакова Т.А., Кулешов В.А.
В 2003 году прошли выборы новых депутатов. 25 декабря состоялась первая сессия депутатов третьего созыва. По предложению главы района Дондупова Б.П. после очень бурных дебатов и нескольких этапов голосования секретарем Совета была избрана Наталья Ивановна Морозова.
На седьмой внеочередной сессии Совета в связи с изменением в законодательстве, запрещающим совмещать должности главы и председателя Совета временно исполняющим обязанности Председателя совета назначена Н.И. Морозова. И начался «переходный период», как об этом писала в те годы газета «Муйская новь».
В сентябре 2004 году главой района избран С.Ю.Мурзин. Глава должен был определиться: остаться в составе представительного органа местного самоуправления на правах председателя с правом решающего голоса или быть главой администрации. Необходимо было привести Устав района в соответствие с действующим законодательством. И 16 декабря 2004 года проект нового Устава МО «Муйский район» Республики Бурятия был опубликован в газете «Муйская новь».
5 мая 2005 года на 15 сессии райсовета депутаты утвердили Н.И.Морозову в должности Председателя Совета. Но в Совете начался разлад, депутаты разделились на две группы. Много сессий не состоялось из-за отсутствия кворума. Вся история работы данного Совета очень подробна описывалась в районной газете. Времена были не простые, высокие коммунальные тарифы, голодовки коммунальщиков, дефицит бюджетных средств., ликвидация п. Тоннельный и т.д.
А 25 мая трое народных избранников: Л.А.Глушакова, Н.К.Колпак, В.Л.Рашко-Меленевский – написали заявления о досрочном сложении с себя депутатских полномочий. Эти действия окончательно парализовали деятельность районного Совета депутатов третьего созыва. 19 мая 2006 года решением Муйского районного суда по заявлению прокурора Муйского района несколько пунктов устава района были признаны противоречащими нормам федерального закона «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации».
Данный Совет был распущен в соответствии с законом Республики Бурятия № 2176 – 3 от 5 марта 2007 года «О роспуске представительного органа МО «Муйский район» - районного Совета депутатов муниципального образования «Муйский район».
16 марта 2006 года состоялась первая сессия районного Совета депутатов района четвертого созыва, который был сформирован из представителей поселений района в количестве 5 человек: четыре депутата плюс глава поселения. Впервые в Бурятии возник прецедент участия представителей поселковых органов власти в решении вопросов на уровне районного совета.
Список депутатов
2007 – 2008 г.г.
1.Добханов Андрей Николаевич
2.Письменный Виктор Николаевич
3.Пумпышев Сергей Владиславович
4.Колмакова Ольга Геннадьевна
5.Козлов Геннадий Юрьевич
6.Рататова Зинаида Сергеевна
7.Рудич Валентина Васильевна
8.Шумаева вера Александровна
9.Серкин Виктор Ильич
10.Мирошников Александр Владимирович
11.Максимов Сергей Анатольевич
12.Лукьянова Антонина Николаевна
13.Шемякин Владимир Владимирович
14.Дризд Сергей Валентинович
15. Тюрин Юрий Владимировч
Депутаты приняли временный Регламент. Обязанности председателя по ведению первого заседания нового райсовета были возложены на главу Муйской сельской администрации В.И.Серкина.
Полномочия Председателя данного Совета исполняет А.Н. Добханов.
Полномочия данного Совета закончились в октябре 2008 года. Данным Советом депутатов был принят Устав МО «Муйский район», где глава района исполняет полномочия и Председателя Совета депутатов.
В октябре 2008 года Главой района – Председателем Совета депутатов избрана Л.А.Анашкина. В состав райсовета вошли: В.Н.Письменный, В.И.Пинтаев, .Д.Очирова,Г.Ю.Козлов,М.Р.Горбунова,Н.Ю.Лукашова,Р.Г.Трескина,С.А.Водолажская,Ю.С.Мосеенко,Ю.М.Фролов,В.В.Третьякова,А.А.Трофимов,А.Н.Лукьянова,Д.В.Мунконов.Введена должность заместителя председателя Совета депутатов. Народные избраники утвердили на эту должность М.Р.Горбунову.
16 августа 2011 года Анашкина Л.А. прекратила полномочия главы района по собственному желанию.
Решением Совета депутатов МО «Муйский район» от 09 сентября 2011 года №293 были назначены выборы главы МО «Муйский район» на 04 декабря 2011 года.
Главой муниципального образования «Муйский район» 4 декабря 2011 года был избран Дондупов Б.П.
Численность Совета депутатов – 16 человек.
9 октября 2013 года состоялись выборы депутатов поселений МО ГП «Поселок Таксимо» и МО СП «Муйская сельская администрация». В связи с этим 10 депутатов Совета депутатов МО «Муйский район» избранных 12 октября 2008 года на поселениях прекратили свои полномочия.
В результате избрания представительными органом поселений МО ГП «Поселок Таксимо» и МО СП «Муйская сельская администрация» из своего состава депутатов, в состав Совета депутатов МО «Муйский район» были делегированы 10 вновь избранных депутатов.
09 октября 2013 года состоялась 63 сессия Совета депутатов МО «Муйский район» в обновленном составе. Заместитель председателя Совета депутатов МО «Муйский район» избрана на новый срок Горбунова Марина Рафильевна.
Список депутатов МО «Муйский район»
2008 -2013 г.г.
1.Дондупов Баир Пурбоевич - председатель Совета депутатов
2.Мунконов Дамнин Викторович
3.Шадрина Наталья Николаевна
4.Фролов Юрий Михайлович
5.Третьякова Валентина Викторовна
6.Лукьянова Антонина Николаевна
7.Горбунова Марина Рафильевна - заместитель председателя Совета депутатов
8.Пинтаев Виктор Иванович
9.Козлов Геннадий Юрьевич
10.Письменный Виктор Николаевич
11.Миранов Тигран Никитович
12.Рудич Валентина Васильевна
13.Смольникова Ольга Сергеевна
14.Шаврова Светлана Николаевна
21 ноября 2016 года глава МО ГП «Северомуйское» Рудив В.В. ушла в отставку.
5 марта 2017 года главой поселения избран Кудряшов Алексей Александрович.
6 ноября 2016 года избран новый состав Совета депутатов МО ГП «Северомуйское». 18 ноября 2016 года Председателем Совета депутатов МО ГП «Северомуйское» избрана Ефимова Тамара Владимировна. В состав Совета депутатов МО «Муйский район» делегированы: Усенков Илья Петрович, Киселева Валентина Федоровна, Павлова Дарья Владимировна, Гутовская Елена Викторовна.
До февраля 2016 года полномочия главы района исполняет Дондупов Баир Пурбоевич. В феврале 2016 года Дондупов Б.П. подал в отставку по собственному желанию. Новые выборы главы МО «Муйский район» были назначены на 22 мая 2016 года. Главой района был избран Киргизов А.И.
15 марта 2018 года А.И. Киргизов подал в отставку по собственному желанию.
Совет депутатов внес изменения в Устав МО «Муйский район» в части избрания главы МО «Муйский район» по конкурсу и решением №906 от 31.07.2018 года был назначен конкурс по отбору кандидатур на должность главы МО «Муйский район».
28 августа 2018 года состоялся конкурс. 29 августа 2018 года Совет депутатов МО «Муйский район» из числа кандидатов выбранных конкурсной комиссией избрал главой МО «Муйский район» Козлова Андрея Ивановича. 7 сентября 2018 года состоялось вступление в должность главы МО «Муйский район» и Козлов А.И. приступил к исполнению полномочий главы.
В сентябре 2018 года состоялись выборы в составы представительных органов поселений района. Сформирован новый Состав Совета депутатов района.В него вошли:
1.Горбунова М.Р.
2.Ульзутуев З.Д.
3.Пинтаев В.И.
4.Тулугоев В.Б.
5.Кулешова Е.В.
6.Васянович В.В.
7.Зайцева Л.П.
8.Дампилова Г.Н.
9.Хлыстова О.Б.
10.Потапов А.С.
11.Кудряшов А.А.
12.Киселева В.Ф.
13.Усенков И.П.
14.Павлова Д.П.
15.Гутовская Е.Н.
С данного созыва Совет депутатов возглавляет Председатель Совета депутатов избранный из числа депутатов районного Совета. Представительная и исполнительная власть разделились.На первой сессии депутатов данного созыва, состоявшейся 4 октября 2018 года председателем Совета единогласна избрана Горбунова М.Р.
Второй срок продолжают работать в Совете активные депутаты: У.В.Кулешова,Г.Н.Дампилова ,В.И.Пинтаев,Л.П.Зайцева.
В январе 2019 года В.И.Пинтаев сложил полномочия депутата, так как был назначен первым заместителем руководителя администрации МО «Муйский район».В район делегировали депутата МО ГП «Поселок Таксимо» Станькова Д.В.
Дампилова Г.Н. стояла у самых истоков зарождения ТОСовского движения в районе. Созданный под ее руководством ТОС «Сибириада» был лидером на протяжении 4 лет и каждый год занимал призовые места в республиканском конкурсе. Районный совет и район в целом понес невосполнимую утрату в связи со скоропостижной смертью депутата, активного жителя района Дампиловой Г.Н.
В состав района Совет депутатов МО СП «Муйская сельская администрация» делегировали депутата Еремееву О.М.
За место выбывших депутатов: Гутовской Е.Н.,Ульзутуева З.Д. Делегированы депутаты: Ефимова Т.В.,Якимов С.В.
В соответствии с действующим законодательством, Уставом муниципального образования компетенция представительного органа заключается в создании и постоянном совершенствовании необходимой для развития района правовой базы, направленной на решение вопросов местного значения, социально-экономического развития муниципального образования, утверждение правил для деятельности органов местного самоуправления. Депутаты Совета ведут активную работу по всем направлениям своей деятельности и стараются найти точки взаимодействия со всеми органами власти района и республики в целом.